《疑云杀机》故事发生在江湖时代孤儿阿飞(刘德华 饰)传说自小由鱼群抚养长大因此身手不凡不过阿飞却对功名不感兴趣在渔村过着逍遥自在的生活一次偶然机会阿飞结识了前朝遗民燕十三(钟镇涛 饰)两日成立莫逆之交为了帮助燕十三与兰陵国君一起从十四太子手中夺回王位阿飞前往兰陵国救出了兰陵国君及其女月牙儿(梅艳芳 饰)阿飞与月牙儿在逃亡过程中互生情愫但月牙儿早已与燕十三订下婚约阿飞只能黯然离开了他们趁阿飞离开十四太子调遣部队包围了燕十三他们情况危在旦夕并称“南刀北剑”的胡一刀和苗人凤惺惺相惜但意外比试中毒发身亡将妻儿托付给苗人凤苗人凤心怀愧悔封刀十年岁月流转胡斐已成长少年英雄他误以为苗人凤为杀父仇人……约翰-金伯是一名缉毒警探追踪毒贩库伦-克里斯普多年却始终无法将其擒获约翰最近查知库伦一直在寻找他的前妻和儿子因为他们卷走了库伦300万美元的毒品收入约翰决定从这对母子身上取得突破于是便与新来的女搭档菲比一同前往阿斯托利亚小镇寻找他们的行踪按照原计划菲比将以教师的身份在当地幼儿园打探库伦幼子多米尼克但贪吃的菲比却因食物中毒而上吐下泄一病不起这班6岁的孩子对约翰来说比任何歹徒都更难对付第一天上班便把他折腾得筋疲力尽回到住所时连说话的力气都没有了如此下去怎么得了约翰决计用自己的方法管教这班孩子他那略带军营味道的管理方法逐渐奏效原本无法无天的孩子们变得乖巧可爱约翰与一个名叫多米尼克的孩子成了好朋友进而结识了他的母亲--同在一个学校任教的女教师乔伊丝原来他们就是库伦的前妻和儿子约翰开始主动接触乔伊丝但不久便发现自己已经爱上了她库伦和他的母亲艾琳娜也来到镇上寻找乔伊丝母子他们在学校的杂物间里放起火来并趁乱绑架了多米尼克...